Cette opération ne modifie pas la structure du capital de Natixis, qui reste détenu à 72% par BPCE. A la création de Natixis, en 2006, la nouvelle banque avait pris une participation de 20% dans les Caisses d'Epargne et les Banques Populaires sous forme de certificats coopératifs d'investissement (CCI), car les établissements mutualistes n'ont pas d'actionnariat.
Il s'agissait alors notamment de permettre à Natixis, très axée sur le développement de la banque de financement et d'investissement, de bénéficier, pour partie, du résultat des caisses régionales. Le socle de la banque de détail, aux revenus plus stables, devait ainsi lui apporter de la stabilité. Avec le rachat de cette participation, Natixis devra donc maintenant compter uniquement sur ses propres revenus.